由於他老家在湖廣，隆武帝派他去當地收服首鼠兩端的流賊殘軍。可悲的是，時間不久，隆武帝遇害汀州。張同敞忠耿孤臣，聞訊仰天大哭，哀至泣血。永曆繼位於端州，他立刻奔往依從，一直作為大明的鼎鼎忠臣。
張同敞剛從周圍督軍而回，隔江遙見桂林城內一片死寂，詢問逃亡難民，始知明軍早已竄奔，桂林完全無人把守。
明知是危城，偏向危中行。張同尚單人獨騎，昂然而入。
瞿式耜見張同敞入，稍感慰籍，勸說道：“我乃奉旨守臣，城存與存，城亡與亡，您乃軍中都督，應該隨軍俱行。天下事，或尚可為，希望您能出城逃走。”
張同敞凜然一笑：“瞿公您能為朝廷死節，難道我張同敞不能嗎？”
二人相視大笑。於是，一直伺侯瞿式耜不去的老兵獻酒，二公暢飲歡談，達旦不寐。
夜雨淙淙，他們遙見城外火光沖天，整個桂林城寂無聲響。
雞唱時分，老兵稟告：“清兵已經入城。”
二人飲酒依舊。
黎明時，瞿式耜平靜對張同敞說：“我二人死期近矣！”
清軍馬隊馳至，喧譁斥問。很快，有一隊士兵突入，上前要捆綁二人。
瞿式耜慢慢站起，鎮靜言道：“我們二人已經坐待一夜，何用捆縛！”
當時，大雨如注，清軍押二人在泥濘中蹣跚好久，才抵達桂林城內的靖江王府，被押見漢奸王爺孔有德。
據瞿式耜本人的《臨難遺表》所記，當時的孔有德身邊，“甲仗如雲，武士如林。”漢奸王爺，排場極大。
瞿式耜、張同敞二人抱必死之心，面對漢奸賊王，傲然挺立。
孔有德踞地；坐一虎皮墊上。他早聞瞿式耜有忠義之名，舉手作恭，問：“哪一位是瞿閣部先生，請坐下說話。”
瞿式耜：“我就是大明留守督師瞿式耜！我們中國人不習慣在地上盤坐。桂林既陷，惟求速死！夫復何言！”
孔有德並無慢怒之色，溫言相勸：“我在湖南，已經知道瞿閣部留守桂林。現在入城更知二公不怕死，故意在此不去。本王絕不殺害忠臣，先生您何必求死？甲申闖賊入京，我大清已為先帝（崇禎）報仇，而且祭葬成禮，明朝人應該人人感謝才對。如今，人事如此，天意可知！希望瞿閣部不要自苦。自今以後，我掌兵馬，您為我掌錢糧，安民眾，同為大清效力。”
瞿式耜輕蔑一笑：“我為永曆皇上供職，豈能為犬羊胡虜效力！”
孔有德面有不悅耳，仍強自隱忍：“我位居王位，於您而言，應無屈尊之理。”
瞿式耜嗤之以鼻：“安祿山、朱泚（兩個唐朝叛將）皆自以為王，那是多麼下賤的王爺啊！”
孔有德面紅耳赤，爭辯道：“我乃孔聖人後代，勢會所迫，為大清馳驅，事已至此，瞿大人何必太過固執。”
張同敞一旁大喝：“孔有德狗賊，你不要汙辱孔聖人。想你從前不過是皮島毛文龍（被袁崇煥所殺的跋扈大將）手下提尿壺的家奴，怎敢以聖人之裔自居？”說著話，張同敞撲上前痛批孔有德雙頰。
一句話，揭了老底。大巴掌，打得生疼。
孔有德大怒，立刻喝令兵士把張同敞五花大綁，逼其下跪。
張同敞大罵不止。
孔有德掄起衛士手中鐵錘，砸折張同尚兩個胳膊，又揮拳打瞎這位忠臣一隻眼睛。
張同尚仍舊大罵不止。
瞿式耜見此，義憤填膺，喝斥道：“這是大明宮詹司馬張同敞，自願入城來與我同死。爾等鼠輩，安能如此折辱義士！”
孔有德不死心，接著勸降：“我二十歲左右，起兵海上，如今已經南面稱孤為王。我投誠大清後，擁旄節，爵名王；瞿公，如果您今日降，明天就和我一樣為大清重臣。常言道‘識時務者為俊傑’，大清自甲申（1644年）入中國，五年之間，南北一統。大清軍隊，至縣縣破，至州州亡！天時人事，蓋可知矣！瞿公您守一城以扞天下，屢挫大清強兵，才能已見於天下。如果投降，一定轉禍為福，建立非常之功業。如果不降，空以身血膏原野，天下人誰復知之！”
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木棉花開血樣紅（4）
瞿式耜輕蔑一笑。“你身為男子大丈夫，既不能盡忠本朝，復不能自起，於天下逐鹿稱孤，恬然為人鷹犬，現在怎麼還能以俊傑時務之辭欺我等堂堂丈夫？昔有少康、光武二帝，恢復中興，天時人事，尚未可知。本閣部受累朝大德，位三公，兼
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