生於天地之間，何必委身於人，輕入虎穴？”
對兄弟，鄭芝龍態度當然和緩許多，他解釋說：“兄弟你剛才所言，只見眼前，不看長遠。甲申之變，天下鼎沸，清朝逐鹿中原，天下三分，已得其二。如果我們不自量力，提一旅而敵天下兵，誠乃小丈夫所為。不如乘現在清軍招我，全軍歸誠。此舉，古來豪傑往往行之，正所謂棄暗投明，擇主而事。我們如此主動，清朝能忍心欺我棄我？人以誠心待我，我以誠心應之。賢弟勿慮，我單騎往見博洛貝勒，看他如何待我。賢弟你就靜聽佳音吧。”
鄭芝龍臨行，清軍得知其子鄭成功深沉大略，讓鄭芝龍與鄭成功同去。當時，鄭成功在外練兵，他寫信給父親表明態度：“從來父教子以忠，未聞教子以叛。今父親不聽兒言，後倘有不測，兒只有縞素而已。”
鄭成功之信，恰似精確預言，已經一語道破鄭芝龍的下場。
《明季南略》中，記載了鄭芝龍進入清營之後的詳情。
清軍統帥博洛“熱情”迎接鄭芝龍，與他“折箭為誓”，歡飲三日夜。第四天中午，忽然軍號吹響，大兵四集，包圍了參與宴飲的福建士紳名流數百人。包括鄭芝龍在內，士紳降將們皆有些傻眼。
博洛臉一變，忽然宣佈：“鄭芝龍等人，立刻入京聽用，馬上出發，不得有誤！”
龍游淺水，虎落平陽，鄭芝龍悔得腸斷，也來不及。情急之下，他使出最後一招，表示說自己當然渴望進京“面聖”，但放心不下兒子與兄弟輩，怕他們造反給朝廷惹麻煩。
博洛不上圈套，他呵呵一笑，立刻讓鄭芝龍寫下幾封親筆信招降子弟，然後說：“平滅鄭氏餘部不服順朝廷者，與你無甚干係，更非我之所慮，朝廷自有處分。”
於是，精騎押送，昔日手握數十萬大軍而又拱手把福建交予清軍的鄭芝龍，就如此窩囊地被送入北京。
與日後的孫可望被清廷重視得獲王爵不同，鄭芝龍入京後，立刻遭到軟禁，只落個“一等精奇尼哈番”（子爵）這樣不倫不類的頭銜。四合院囚徒，一呆就是十五年，最終連同幾個兒子在寧古塔被凌遲處死。
清軍統帥博洛利用鄭芝龍之名，在福建招降了十多萬鄭氏舊部，其弟鄭芝豹降清，大將施福、施琅叔侄也在投降列內。不久，鄭氏宗軍的骨幹皆被派往另外一個明朝降將李成棟手下，廣受排擠。
李成棟反正後，鄭氏舊部藉機擺脫，重回鄭成功手下。
在當時，反對降清的鄭成功、鄭鴻逵兵力單弱，僅有數百人，躲避在中左所（廈門）鼓浪嶼上，如驚弓之鳥，隨時準備揚帆入海而遁。
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兩個太陽照南明（7）
鄭芝龍被騙誘入京，對鄭氏部伍震動很大。有些人擁隆武帝之弟（日後的紹武帝）逃往廣州，而鄭氏家族中的鄭彩等人則改奉魯監國於舟山群島，在浙閩一帶繼續抗清。
鄭氏家族顯名者，鄭芝龍兄弟四個，鄭芝龍老大，鄭鴻逵老二，鄭芝豹老三，還有一個鄭芝虎，在先前征伐海盜劉香時戰死。鄭彩這個人，明末清初各種史書都講他是鄭鴻逵的兒子，但從史事中仔細驗查，似乎又不是，所以此人真實身份存疑。清朝末期寫南明史的學者徐鼒，已經對他的身份感到十分迷惑。
魯監國在張名振等人支援下，有了部分軍隊，曾在福建有過一番作為，連克建寧、壽寧等地，一度收復三府一州二十多個縣，進圍福州。
但是，由於鄭彩跋扈，魯監國小朝廷內部仍然是文臣武將內鬥不休，喪失了大好機會。鄭彩頗有鄭芝龍之風，喪心病狂下，他連朝中東閣大學士熊汝霖都敢害，把熊氏父子綁起來投入海中淹死。魯監國聞之，悲痛欲絕，哭訴道：“殺我忠義之臣，斷我股肱，我活著有什麼意思！”
由於武臣跋扈，鄭彩擅權，魯監國的朝事江河日下，一天不如一天。加上鄭成功、鄭鴻逵部拒不承認魯監國政權，雙方不配合，不協同，福建的大局，最終又為清軍佔據優勢。
清朝大量增兵入閩地，僅僅幾個月功夫，魯監國所得之地，盡數被清兵攻佔。
見大勢不妙，鄭彩這個生意人馬上拋棄魯監國，揚長而去。魯監國頓成孤家寡人。幸虧張名振來得及時，把魯監國迎到浙江台州府的健跳所。
荒僻小島，魯監國君臣同舟共濟，終於暫時穩定了局勢。
由於清軍屢屢來攻，在張名振等人建議下，魯監國向舟山群島進發。島上留守的明將黃斌卿想割地自雄，拒不接納。在張名振策劃下，黃斌卿手下人將他殺死，
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