將教主一職傳給了一名叫安培晴明的少年，隨後就隱居海外，閉關修煉，只有出關來民間搜尋藥材、靈材時才會偶爾被人看到，可以說是神龍見首不見尾，人們都說，神尊是在海外為人民抵擋一些大魔頭、妖怪的入侵，所以雖然雲滄海數十年沒露面，但是聲望反而越發的崇高了。
與雲滄海事業的一帆風順比起來，鑑真推廣佛法、普度眾生的道路就要曲折一些。鑑他到日本後，卻發現，普渡世人並沒有那麼簡單，尤其是世俗間的事，並不是單靠你法力高深就可以解決的。
根據聖武和孝謙的意願，鑑真作為律宗高僧，應該負起規範日本僧眾的責任，杜絕當時日本社會中普遍存在的託庇佛門，以逃避勞役賦稅的現象，因此，孝謙下旨：“自今以後，傳授戒律，一任和尚”。
但是，這引起了日本本國“自誓受戒”派的反對，尤其是興化寺的賢璟等人，激烈反對。於是，鑑真決定與其在興福寺公開辯論，在辯論中，鑑真做出讓步，承認“自誓受戒”仍可存在，但是作為正式認可的具足戒必須要有三師七證，結果賢璟等人皆被折服，捨棄舊戒。
鑑真於是在東大寺中起壇，為聖武、光明皇太后以及孝謙之下皇族和僧侶約500人授戒。756年，鑑真被封為“大僧都”，統領日本所有僧尼，在日本建立了正規的戒律制度。
然而，758年，作為鑑真最主要支持者的孝謙天皇在宮廷鬥爭中失勢，被迫傳位給淳仁天皇。相應的，鑑真也遭受到排擠。758年，淳仁天皇下旨，以"政事煩躁，不敢勞老"為名，解除了鑑真“大僧都”一職，並將在宮廷鬥爭中敗死的原皇太子道祖王的官邸賜給鑑真。次年，鑑真弟子在該官邸草成一寺，淳仁賜名“唐招提寺”，鑑真從東大寺遷居至此。淳仁還下旨，令日本僧人在受戒之前必須前往唐招提寺學習，使得唐招提寺成為當時日本佛教徒的最高學府。
由於鑑真對世俗權勢並不在意，所以也沒有因“大僧都”一職被解除而失落，反而因為可以規範日本的受戒制度和將佛法在日本發揚光大而興奮，所以一直幹勁十足。
在日本多年的世俗經歷雖然沒有提升鑑真的修為，但是卻練就了他一雙看透世情、洞察人心的慧眼，不必像從前一樣，每次都要靠“他心通”來探知別人的內心活動了。這使他對佛法精要的領悟更近一成，領悟了“色即是空、空即是色，色不異空、空不異色”的道理，道行和境界又有所提升。
佛法本來就是講究“看透一切、看破一切、超脫一切”，鑑真這才明白了雲滄海在去建立陰陽教之前叮囑他“用心去看、用心去想，不要動輒施展法力，紅塵之中自有頓悟之機。”的話，隨後用心感悟紅塵之道，鑽研佛學，改革日本佛門制度，是日本的佛門秩序空前穩定、規範‘
鑑真又透過普及知識，建立貧田院賙濟平民等方式擴大佛教影響，並創立了日本佛教南六宗之一的律宗，繼續自己弘揚佛法的事業。唐招提寺很快因此成為日本佛教聖地。由於佛教在日本影響很大，所以又反過來影響了社會各階層，使社會制度為之一清，而且由於雲滄海創立的陰陽教發展壯大，掃清了不少盤踞地方的妖魔，為農民和地主、貴族騰出了大片的可耕作土地。
耕地增加、糧食生產自然也大幅度增加，再加上這幾任天皇都是守成之君，性情平和，不喜征戰，而國內的各大藩鎮、貴族因為顧忌到陰陽教和律宗，當然更確切的說是雲滄海和鑑真的威懾力，也不敢過於欺壓百姓，興兵作亂。所以國內平和安定，進入了空前繁榮的時代，日本各界人士稱之一時代為“平安時代”，而開創這一時代的功臣之一——鑑真在日本的影響力甚至超越了天皇，
780年，鑑真推辭了朝廷的挽留，辭去了“大和上”尊號，同年，辭去了方丈之職，傳主持之位於年僅六歲的空海，由於鑑真威望卓著，這一決議無人反對，隨後，鑑真便在唐招提寺隱居。
鑑真與雲滄海經過幾十年的苦心經營，終於建立了自己的勢力，並且在日本紮根立足，有了自己的地盤、成為了日本最大的勢力。
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