人送急信挽留，認為“軍有進寸無退尺”，如果入臺灣，則將來金門、廈門皆不可守，一定造成天下復明之士灰心失望的後果。
鄭成功不聽，揚帆而去。當時，張煌言已帶兵行至福建北部的沙埕想與鄭軍會師。他撲空的失望，可想而知。
1661年，永曆帝在雲南被吳三桂俘虜。轉年，永曆帝被殺，鄭成功病死。
張煌言懇請鄭成功之子鄭經重擁被鄭氏家族軟禁區的魯監國朱以海為帝。但是，鄭經冷酷似其父，連魯監國平時的糧食供應都常常缺欠，更甭提擁之為帝了。
兵衛寥寥之下，張煌言處於浙江沿海窮荒僻島，堅持抗清。清朝浙江巡撫張傑致書誘降。張煌言不為所動，復書表示，如果清朝割海邊之地給明朝殘餘勢力，雙方保民息兵，明朝餘部能等同朝鮮之地位，他本人可以掛帆遠航而去，不再與清廷為敵。（《海東逸史》）
這種緩兵計，自然為漢奸張傑所識破，但他心中不得不深敬張煌言對明朝的忠貞不貳。
1662年底，鄭成功死後半年，魯監國朱以海因哮喘病發作病死於軟禁之所。至此，張煌言心中的復明希望，全然破滅。
痛哭之餘，他對身邊人講：“孤臣之棲棲有待、徒苦部下、相依不去者，因主上（魯監國）尚存。今事如此，復有何望！”
有部眾勸他率手下乘船去臺灣往依鄭氏，張煌言不從。“偷生延年，不如在此，以死立信！”
於是，他在懸岙島盡散其軍，自己只帶隨從十餘人居於山上鄰近峭壁的茅屋中。
不久，張煌言與眾人商議，欲盡數落髮為僧，前往普陀山，靜待時變，再起復明。
荒島之上，張煌言作《滿江紅·懷嶽忠武》一詞，表達復國報仇之念：
屈指興亡，恨南北黃圖消歇。
便幾個孤忠大義，冰清玉烈。
趙信城邊羌笛雨，李陵臺上胡笳月。
慘模糊吹出玉關情，聲悽切。
漢宮露，染園雪。雙龍逝，一鴻滅。
剩逋臣怒擊，唾壺皆缺。
豪傑氣吞白鳳髓，高懷眥飲黃羊血。
試排雲待把捧日心，訴金闕。
不料，張煌言部下其中一位小校叛變，逃走至清朝浙江總督趙廷臣處告密，引來大批清軍搜山。
一腔忠憤血 飛濺於群虜（2）
猝不及防，張煌言被清軍生擒。
他被押送至寧波，清朝總督趙廷臣從前到海上與張煌言談判過，見到他非常禮敬，設宴舉酒，問候到：“張老爺別來無恙。”
張煌言不入席，凜然曰：“我父死不能葬，國亡不能救，死有餘罪，今日之事，速死而已，何必多言！”
與張煌言一同被俘的羅倫見狀高聲說：“張公一死而已，何必與如此豬狗之輩絮語！”
清朝的趙提督識趣，以重兵護大轎，把張煌言禮送至省城杭州。臨別故鄉時，鄉親成千上萬泣別送行，張煌言作《甲辰八月辭故里》詩：
義幟縱橫二十年，豈知閏位在於闐。
桐江空懸嚴光釣，震澤難回範蠢船。
生比鴻毛猶負國，死留碧血欲支天。
忠貞自是孤臣事，敢望千秋春史傳。
船行途中，夜半時分，張煌言忽聽有人低聲吟唱《蘇武牧羊曲》，大英雄立刻起身和歌，慷慨激昂。仔細一看，唱曲人乃看守士兵之一的史丙。
張煌言知道對方“勸死”的心意，說：“你真是有心人！你放心，我作為大明兵部尚書，絕對會為國盡忠，含笑而死，不會給大明朝丟臉！”
入杭州後，張煌方賦《入武林詩》，更加堅定了以死報國之心：
國破家亡欲何之？西子湖頭有我師。
日月雙懸於氏墓，乾坤半壁岳家祠。
慚將赤手分三席，擬為丹心借一枝。
他日素車東浙路，怒濤豈必屬鴟夷。
字裡行間，岳飛、于謙兩位前輩先烈，成為張煌言的精神支柱。
清朝的浙江巡撫張傑親自迎接，待以貴客之禮。張煌言不卑不亢，與清朝督撫官員分庭抗禮，岸然高坐，寒喧閒話。
漢奸張傑等人皆知，張煌言心堅為明不可勸轉，所以，相見許久，皆略談閒語海中之事，閉口不敢提招降的問題。
言談之間，還有降清的不少從前張煌言部將來拜，均涕泣行禮。
對這些人，張煌言略微頷首示意。
敘談許久，清朝巡撫
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