主將一失，舟山不能進行有效抵抗，最終被清軍攻克。魯監國的世子被生俘，其正妃投井自殺。當時留守舟山的不少明臣，如大學士張肯堂、兵部尚書李尚中等數十人，皆自殺殉國。
幸虧魯監國先前“御駕親征”，才避免了被清軍俘殺的命運。
張名振等人無奈，只得擁保著魯監國遠走，最後進入鄭成功的地盤海壇島。
但是，鄭成功先擁隆武帝，後奉永曆帝，他一直不承認魯監國政權，雙方非常尷尬。還好，鄭成功沒動殺機，只以宗藩之禮對待魯監國，並逐漸“收編”其屬下軍將。
1652年，寄人籬下的魯監國不得不放棄“監國”名號，派人上表給永曆帝，奉之為正朔，表示歸藩。由此，這位“代理皇帝”（監國），仍舊變回為“魯王”。
這時的鄭成功，很想有一番作為，永曆六年（1652年）正月，他率舟師，浩浩蕩蕩直奔漳州而來。海澄清將見來者勢大，馬上投降，鄭成功入據城中。
稍事修整後，鄭成功指揮軍隊把漳州府城包圍起來。由於城堅難攻，鄭成功採取圍固之法，半年之內，城內死人無數兵民，基本都是均死於飢餓。
漳州即將被攻克之時，不巧清將金礪率援軍趕到。鄭成功接戰失利，不得不撤圍而走，退回海澄。
回到廈門後，張名振、張煌言建議，由他們二人率領部分舟師北返江浙，如此可以牽制清軍。鄭成功同意，放二人率從前的部分魯監國軍隊返還。
不久，聽說清將金礪率大軍猛攻海澄，鄭成功急忙親赴前線。他身先士卒，親自指揮作戰，安排火藥戰（類似地雷戰），殺傷清兵無數，取得海澄大戰的勝利，打得清軍被迫撤退。
為了整固海澄這個陸上“踏腳石”，鄭成功煞費苦心，派人把海澄修成銅牆鐵壁一樣，安置銃炮，內囤糧草，與廈門、金門遙相呼應。
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“國姓爺”的私心（3）
詭異人間父子情——鄭芝龍和鄭成功
鄭成功的父親鄭芝龍，確實冤大頭一個。他被清朝的貝勒爺博洛帶回北京後，獲封了一個不倫不類的官職，隸於左夢庚旗下，形同軟禁。
清朝的順治帝親政前，鄭芝龍如此報效投順，但大功皆被博洛等人冒領。當時，多爾袞對他非常猜忌，在其私宅內外令人嚴兵看守。一年後，其二子被遣送到北京“入侍”，於是父子三人皆成清朝“人質”。
在北京最初的六七年間，鄭芝龍的日子只能用四個字來形容：苦不堪言。
其間，鄭成功曾差遣人入京看望，卻被清廷下獄審問，使得鄭成功再沒有派人來聯絡。
順治親政後，十分關注鄭芝龍的待遇。這位年青皇帝非常想利用手中這張活牌，招降鄭成功。
順治帝下旨，大讚鄭芝龍“投誠有功”，並把他次子鄭世忠提拔為侍衛官。
感激涕零之餘，鄭芝龍在表達自己如出深淵而步入九天的歡欣鼓舞同時，上表獻計，幫助清廷出謀劃策，招降其子鄭成功。
由此，南明史上不可忽略的“鄭清議和”被啟動。
1653年（順治十年）夏，清廷正式發出敕諭，封鄭芝龍為同安侯，鄭成功為海澄公，鄭鴻逵為奉化伯，鄭芝豹為左都督，並表示鄭成功先前與清軍的作戰屬於“保家自全，並非悖逆”，很給鄭氏一個大臺階下。
作為清朝使臣前往宣諭的，是鄭芝龍表弟黃徵明（前明戶部主事，當時已經降清）。
初次與清朝深入接觸，鄭成功內心很感狐疑。他覆信一封，託人帶給其父鄭芝龍。實際上，信中內容，顯然是給清廷一方看的：
“……貝勒（指博洛）入關之時……啖父以三省王爵，始謂一到省便可還家，既可謂一入京便可出鎮。今已數年矣，王爵且勿記，出鎮且勿記，即欲一還故里，亦不可得！彼（清朝）言豈可信乎？……（清軍）乘兒遠出，妄啟干戈，襲破我中左（指1649年清軍攻襲廈門），蹂躪我疆土，劫掠我士民，擄辱我婦女，掠我黃金九十餘萬，珠寶數百鎰，米粟數十萬斛……閩粵海邊也，離京師數千裡，道途阻遠，人馬疲敝。……（清軍）兵寡必難守，兵多則勢必招集，召集則糧食必至於難支。兵食不支，則地方必不可守。（清軍）虛耗錢糧而爭必不可守之土，此有害而無利者也……其或者將以三省之虛名，前啖父者，今轉而啖兒。兒非不信父言，而實其難信父言……父既誤於前，兒豈復再誤於後乎？……”
清廷仔細研究了鄭成功的回信，經過商議，就再給
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