廠、辦公設施等，將教室、宿舍的箱櫃洗劫一空。日本兵還蠻橫地強令學生們當天全部離校，不準再上課。
9月22日上午11時，日軍將馮庸大學校長馮庸逮捕監禁。關東軍司令本莊繁威迫被關押的馮庸出任東北領袖，組織滿洲獨立，並正式提出兩項條件:一是永遠脫離國民政府，宣佈獨立國;二是承認日本在滿蒙一切已得權利。本莊繁還承諾，在軍力上由日方充分幫助，財政由滿鐵株式會社接濟，讓馮庸替代張學良主持東北政局。馮庸大義凜然，斷然拒絕:“因此若殺我，我亦死得光明磊落“，“死耳，誓不為賣國賊“。日本人認為馮庸還有利用價值，所以暫時未對馮庸下毒手。馮庸透過來探望他的老師給學校傳遞了一張紙條:“馮大師生速到北平。“學生們開始準備前往北平。
很多人開始為解救馮庸積極地活動。最後在馮庸大學日籍教授岡部平太幫助下，10月3日日軍釋放了馮庸。幾經磨難，28日，馮庸回到北平主持流亡中的馮庸大學校務，籌備馮庸大學覆校工作。
1932年“一·二八“上海淞滬抗戰打響，流亡中的馮庸大學抗日義勇軍，由馮庸率領到上海參加陣地宣傳和救護工作。1933年初，日軍進攻熱河省，馮庸又帶領學生赴承德參加抗日。
1933年6月，馮傢俬產基本耗盡，馮庸大學再也沒有恢復學校的力量了。經張學良同意，馮庸將學校併入東北大學。
此事在《國立東北大學廿四週年紀念冊》有如下記載:“1933年6月，馮庸大學結束，併入本校，所佔原陸軍大學校址，由軍委會撥本校校舍。“馮庸大學絕大部分學生各奔東西。他們有的報考了燕京大學、清華大學，少數學生轉到浙江大學和河南大學;還有的回東北加入中共地下組織繼續抗日，有的青年投考軍校，報效國家。
馮庸大學從建立到解散，共有三批畢業生。作為東北的第一所私立大學的馮庸大學，歷時六年宣告結束。抗戰期間，他先後任崑山、長興、襄樊等地警備司令、戒嚴司令，戰區軍法執行監等職。1949年，他隨國民黨遷至臺灣，先後擔任過臺北市長、國有資產局局長、高雄港口司令、空軍等要職。不久，因為臺灣空軍誤擊美國外交官私人飛機一事，他受牽連退伍，改任臺灣電力公司顧問一直到他1981年去世為止。
