戰區抗戰，在徐州會戰中，奉命擔負開展淮河流域的抗日遊擊戰爭，第四支隊司令部駐舒城西南山區西港衝。5 月12日，第四支隊一部在巢縣蔣家河口伏擊日軍，新四軍首戰告捷。
1938年5 月19日，徐州失陷。5 月22日，中共中央發出《關於徐州失守後華中工作的指示》致長江局，要求立即成立鄂豫皖省委，領導津浦路以西、平漢路以東、浦信公路以南的廣大地區的工作，武裝民眾，準備與發動游擊戰爭，有計劃地建立幾個基幹游擊隊與游擊區，使高敬亭支隊成為這一區域的主力。在津浦路以東、隴海路以南、長江以北的廣大地區內，即應建立一個能獨立領導工作的工委，其主要任務為，發動游擊戰爭。江蘇省委即應派一些得力幹部去。6 月，日軍重兵集結合肥，西犯武漢，新四軍第四支隊在東線參加保衛武漢戰役，經連續作戰，殲西犯之日軍近千名，炸燬日軍汽車百餘輛，收復淮南鐵路兩側地區廣大國土，並於同年冬攻克廬江、無為兩座縣城。在中共安徽省工委（後為鄂豫皖區黨委、皖東工委）的配合下，新四軍第四支隊在江北敵後“初步開創了舒城、桐城、廬江、無為地區的抗日根據地。”同年7 月，以第四支隊第八團為基礎成立第五支隊，羅炳輝任司令員，郭述申任政治委員，周駿鳴任副司令員，趙啟民任參謀長，方毅任政治部主任。同年夏、秋在以張雲逸為書記的江北指揮部前委的領導下，經過兩個多月的連續作戰和發動群眾，第四支隊開闢了以定遠東南藕塘為中心的皖東津浦路西抗日遊擊根據地；第五支隊開闢了以來安縣東北半塔集為中心的皖東津浦路東抗日遊擊根據地。江北遊擊縱隊仍堅持巢縣、無為地區的抗戰，一部進至和縣、含山地區開展抗日遊擊活動。同年11月，新四軍江南指揮員陳毅、副指揮粟裕組織蘇皖支隊北渡長江，向儀徵、揚州、天長、六合地區挺進，與第五支隊羅炳輝部會師，開闢該區抗日根據地。至此，皖東抗日根據地初具規模。
1939年11月，中共中央代表、中原局書記劉少奇偕徐海東率中原局機關進入皖東敵後，與駐定遠藕塘附近的新四軍江北指揮部會合。1939年12月和1940年1 月、2 月，劉少奇連續召開中原局會議，貫徹中國共產黨六屆六中全會關於“發展華中”的方針，並直接指揮皖東鬥爭，建立抗日民主政權。
1939年冬至1940年春，在中原局、劉少奇和江北指揮部指揮下，皖東新四軍第四、第五支隊粉碎了日軍4000餘人對皖東抗日遊擊根據地的大“掃蕩”並在江北遊擊縱隊以及前來增援的蘇皖支隊、蘇北挺進縱隊和李先念部豫鄂挺進縱隊配合下，擊退在第一次反共高潮中進攻新四軍江北指揮部及第四、第五支隊司令部的國民黨軍李品仙、韓德勤部，勝利保衛了皖東抗日根據地。中共中央指出：四、五支隊反對韓德勤、李宗仁向皖東進攻的自衛戰爭是絕對必要和絕對正確的。1940年3 月21，中共中央書記處發出關於發動群眾擊退反共勢力進攻，鞏固皖東抗日根據地的指示，致胡服及江北新四軍負責同志並告項英及朱、彭，中共中央指出：“你們的決心及佈置，均是正確的，望堅決執行。在這種堅決方針之下，發動新四軍全部官兵的積極性，發動鳳陽、定遠、合肥、無為、含山、全椒、和縣、滁縣、嘉山、來安、盯眙、天長、江都、六合、江浦等十五縣數百萬民眾的積極性，肅清反共勢力，建立民主政權，爭取中間勢力，爭取一切進步的及中間的國民黨，並極力講究作戰方法，就能各個擊破反共勢力的進攻，並在這種艱苦鬥爭中鞏固這個戰略上極端重要的抗日根據地。在民族敵人深入國土的時期，反共派的進攻是沒有人民援助的，你們的自衛戰爭是能夠勝利的。八路軍正設法援助你們，但你們不要靠外面的任何援助，要用完全獨立自主與艱苦奮鬥的精神戰勝一切進攻者。”中共中央急令華北八路軍黃克誠部增援華中新四軍。皖東新四軍經一個多月的苦戰，終於將李品仙、韓德勤部擊退，取得定遠自衛戰和半塔保衛戰的重大勝利，為建立皖東抗日民主政權創造了條件。6 月下旬到7月上旬，我軍又平息了國民黨頑固派策動的津浦路東來安縣屯倉、天長縣大通等地反動地主暴亂，擊退從淮（安）寶（應）間來犯的韓德勤軍。8 月，羅炳輝、張勁夫等率新四軍第五支隊、第四支隊第七團開闢淮寶抗日根據地，並與南下馳援皖東的八路軍黃克誠部會師，打通了皖東、皖東北和蘇北的聯絡。
在反“掃蕩”、反磨擦鬥爭取得勝利之後，中原局不失時機地指示新四軍江北指揮部委任皖東各縣縣長，將鄂豫皖區黨委從大別山撤到皖東
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